Nội dung chính của bộ phim Mary và đóa hoa phù thủy là câu chuyện xoay quanh Mary cùng với thế giới phép thuật mà cô bé vô tình khám phá ra. Mọi chuyện bắt đầu khi chú mèo đen Tib dẫn Mary đi sâu vào trong khu rừng nơi có một loài hoa kỳ lạ. Bông hoa...