Sự xuất hiện của Godzilla trong quá khứ khiến con người phát hiện ra những sinh vật cổ đại Titan khổng lồ vẫn còn tồn tại trên Trái Đất. Sau trận chiến đánh bại kẻ thù, Godzilla mất tích vào lòng biển. Một ngày kia, Rồng ba đầu Ghidorah trỗi dậy kéo ...